Gellir crynhoi'r prif ffactorau sy'n effeithio ar gydbwysedd microecolegol fel tair agwedd ar yr amgylchedd, gwesteiwr a microbe.
Gall llygredd aer, newid yn yr hinsawdd, dirywiad dŵr bwydo a dŵr yfed, llygredd a ffactorau allanol eraill, arwain at gamweithrediad cynnal ac anhwylderau metabolaidd, gan effeithio ar fflora microbaidd a threiglad statws cytrefu. Megis tymheredd amgylchynol is, gall leihau bifidobacteria berfeddol.
Mae swyddogaeth imiwnedd y gwesteiwr yn ffactor pwysig wrth wrthsefyll ymosodiad ymledol a gwella gallu amddiffyniad gwesteiwr, ac mae hefyd yn system bwysig ar gyfer dileu endotoxin, sy'n lleihau anghydbwysedd microbaidd pan fydd yn gwrthimiwnedd ac yn wrthimiwnedd ac yn imiwnedd. Mae swyddogaeth ffisiolegol y gwesteiwr fel secretiad asid gastrig, secretiad bustl, symudiadau coluddyn annormal, hefyd yn arwain at anhwylderau micro-ecolegol.
Mae gwrthfiotigau yn ffactor pwysig wrth achosi anghydbwysedd fflora, difrod difrifol i'r cydbwysedd ecolegol, gan arwain at golli rhwystr fflora gwesteiwr, colli antagoniaeth fiolegol, pathogenau mewndarddol a phathogenau alldarddol atgenhedlu torfol.
